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Jonathan Maldonado Soto

Postdoc

Universidad de Chile

Santiago, Chile

Líneas de Investigación


Genómica y transcriptómica comparada de organismos procariontes y eucariontes. Diseño e implementación de métodos bioinformáticos para obtener y comparar genomas bacterianos desde muestras metagenómicas.

Educación

  •  Licenciatura en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2008
  •  Ingeniería en Biotecnología Molecular, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2010
  •  Doctorado en Ciencias, Biología Molecular, Celular y Neurociencias, UNIVERSIDAD DE CHILE. Chile, 2017

Experiencia Académica

  •   Profesor curso Bioinformática (BIT120) Part Time

    UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

    Ciencias Biológicas

    Santiago, Chile

    Enero 2010 - Enero 2010

  •   Profesor asistente curso "Introducción a la Ciencia de la Computación" Part Time

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Ciencias Físicas y Matemáticas

    Santiago, Chile

    Enero 2001 - Enero 2002

Experiencia Profesional

  •   Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

    Proyecto de Investigación Genómica Funcional en Nectarines, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    Enero 2004 - Enero 2005

  •   Instalación y configuración junto con Mariano Latorre de un cluster de 25 computadores destinados a análisis bioinformáticos Part Time

    Unidad de Bioinformática del Centro de Biotecnología Vegetal, Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    Enero 2005 - Enero 2005

  •   Trabajo de consultoría en el diseño de la exhibición itinerante denominada “Genoma y Bioinformática” Part Time

    Museo Interactivo Mirador (MIM)

    Santiago, Chile

    Enero 2007 - Enero 2007

  •   Diseño e implementación de un protocolo para la actualización automática de bases de datos Part Time

    Laboratorio de Bioinformática y Matemática del Genoma, Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    Enero 2007 - Enero 2007

  •   Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

    Unidad de Bioinformática del Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática Vegetal de la Universidad Andrés Bello

    Santiago, Chile

    Enero 2009 - Enero 2010

  •   Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

    Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática Vegetal de la Universidad San Sebastián

    Santiago, Chile

    Enero 2010 - Enero 2011

  •   Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Full Time

    Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática del Departamento de Producción Agrícola, Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    Enero 2011 - Enero 2012

  •   Jefe de área y asistente de investigación (Bioinformático) Part Time

    Laboratorio de Genómica Funcional y Bioinformática del Departamento de Producción Agrícola, Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    Enero 2012 - A la fecha

  •   Asistente de investigación en el área de Bioinformática Part Time

    Laboratorio de Bioinformática y Expresión Génica, INTA, Universidad de Chile

    Santiago, Chile

    Enero 2012 - A la fecha

Premios y Distinciones

  •   Beca Presidente de la República

    MINISTERIO DE EDUCACION

    Chile, 1994

    Beca Presidente de la República por excelencia académica para costear gastos relacionados a etapa escolar. Años 1994 a 1999.

  •   Premio a la mejor promoción de Enseñanza Media

    ILUSTRE MUNICIPALIDAD DE SANTIAGO

    Chile, 1999

    Premio a la mejor promoción de Enseñanza Media otorgado por la Municipalidad de Santiago en el Liceo de Aplicación, Santiago de Chile

  •   Beca Presidente de la República

    MINISTERIO DE EDUCACION

    Chile, 2000

    Beca Presidente de la República a la excelencia académica para costear gastos y alimentación durante etapa universitaria otorgada desde año 2000 a año 2009.

  •   Beca Universidad de Chile

    UNIVERSIDAD DE CHILE

    Chile, 2000

    Beca Universidad de Chile para financiar el arancel de la carrera.

  •   Beca para asistir al “Global Biotechnology Forum”,

    Global Biotechnology Forum

    Chile, 2004

    Beca para asistir al “Global Biotechnology Forum”, Concepción, Chile.

  •   Beca para asistir al “Rosaceae Genomics IV Conference”

    RosBreed

    Chile, 2008

    Beca para asistir al “ Rosaceae Genomics IV Conference”, Pucón, Chile.

  •   Beca CONICYT Doctorado Nacional

    CONICYT

    Chile, 2012

    Beca CONICYT para cursar programa de Doctorado en Ciencias, Universidad de Chile.


Tipos de Producción
 

Conference Poster (26)

Functional Genomics as a Tool to Unveil Bioactives Compounds in Commercial and Andean Natives Plants
Transcriptomic Analysis of ‘Garnem’ Rootstock By RNA-SEQ Reveals Genes and GENE Ontologies Involved in Drought Response
Bioinformatics and molecular analysis of factors involved in developmental and cracking tolerance in different varieties of sweet cherry
De novo transcriptome analysis of daucus carota modified root under dark or light grown conditions
Discrimination of taxa-specific genomes of soil bacteria through analysis of abundance changes between two contrasting environmental conditions
Functional Genomics as a Tool to Understand Cracking Tolerance in Sweet Cherry (Prunus avium)
Transcriptional, genetic and chemical approaches to understand tolerance to cracking in sweet cherry fruits
Transcriptome characterization of v. Pubescens and v. Chilensis: two phenotypically contrasting papaya species
Correlation Between Alkanes and Cracking in Different Sweet Cherries Varieties
Discrimination of taxa-specific genomes of soil bacteria through analysis of abundance changes between two natural environmental conditions
RNA seq as a tool to study the effect of handling stress in the expression of genes associated with the immune response of red cusk-eel (Genypterus chilensis)
A functional genomics approach to understand cracking in sweet cherries
Characterization of bacteria from the Atacama Desert tolerant to extreme pH and salinity conditions
Transcriptomic analysis of Musca domestica reveals 100My conservation of D. melanogaster decapentaplegic pathway
Approaches Enabling Molecular Breeding of Sweet Cherry
De novo assembly and characterization of red conger eel (Genypterus chilensis) transcriptome using next generation sequencing
A functional genomics approach to understand cracking susceptibility in sweet cherry (Prunus avium)
Genomes to Genes: Comparative genomic analysis in Prunoideae
RNA-seq Expression Analyses in Sweet Cherries with Differential Susceptibility to Cracking
Molecular and Bioinformatic analysis of factors involved in the cracking susceptibility in different varieties of cherry
Identification of the metabolic pathway for nonadienol, an interesting volatile compound in Fragaria chiloensis
Putative role of N-Alkane from sweet cherries epicuticular waxes in susceptibility to cracking
Study of the aroma metabolic pathway in Fragaria chiloensis
Expression of aroma genes and accumulation of volatile compounds in cultivated strawberry (Fragaria x ananassa) and white strawberry (Fragaria chiloensis) during ripening
University of Chile's Integrated Plant Gene Expression Database

Journal Article (12)

RNA-seq analysis of the head-kidney transcriptome response to handling-stress in the red cusk-eel ( Genypterus chilensis )
Transcriptional Responses of Chilean Quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) Under Water Deficit Conditions Uncovers ABA-Independent Expression Patterns
Transcriptomic analysis of the hepatic response to stress in the red cusk-eel (Genypterus chilensis): Insights into lipid metabolism, oxidative stress and liver steatosis
De novo transcriptome assembly of 'Angeleno' and 'Lamoon' Japanese plum cultivars (Prunus salicina)
Genetic structure based on EST–SSR: a putative tool for fruit color selection in Japanese plum (Prunus salicina L.) breeding programs
Genomic-Based Restriction Enzyme Selection for Specific Detection of Piscirickettsia salmonis by 16S rDNA PCR-RFLP
Complete genome sequence of Microbacterium sp CGR1, bacterium tolerant to wide abiotic conditions isolated from the Atacama Desert
mRNA-seq reveals skeletal muscle atrophy in response to handling stress in a marine teleost, the red cusk-eel (Genypterus chilensis)
Sequencing and de novo assembly of the red cusk-eel (Genypterus chilensis) transcriptome
The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution
Comparative EST transcript profiling of peach fruits under different post-harvest conditions reveals candidate genes associated with peach fruit quality
JUICE=> a Data Management System that facilitates the Analysis of Large Volumes of Information in an EST Project Workflow

Article (2)

Microbiome analysis and bacterial isolation from Lejia Lake soil in Atacama Desert
Structure and co-occurrence patterns in microbial communities under acute environmental stress reveal ecological factors fostering resilience

Book Section (1)

Functional Genomics: Transcriptomics

Review (1)

JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow
41
Jonathan Maldonado

Postdoc

Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos

Universidad de Chile

Santiago, Chile

9
Herman Silva

Professor

Departamento de Produccion Agricola

Universidad de Chile

Santiago, Chile

5
Liliana Cambiazo

Associate Professor

Unidad de Nutrición Básica

UNIVERSIDAD DE CHILE - INTA

Santiago, Chile

4
Juan Valdés

Head lab

Ciencias Biologicas

UNIVERSIDAD ANDRÉS BELLO

Santiago, Chile

3
Lee Meisel

Associate Professor

Institute of Nutrition and Food Technology (INTA), University of Chile

Macul, Chile

3
Claudio Meneses

Associate Professor

Ciencias Biológicas

UNAB

Santiago, Chile

2
Mauricio González

Associate Professor

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

2
Andrea Morales

Académico de planta, encargada de Investigación

Salud

Universidad Santo Tomas

La Serena, Chile

2
Juan Manuel Estrada

Director

Facultad de Ecología y Recursos Naturales

Universidad Andrés Bello

Quintay , Chile

2
PAULA VIZOSO

Researcher

Universidad Mayor

SANTIAGO, Chile

2
Alfredo Molina

UNIVERSIDAD ANDRES BELLO

SANTIAGO, Chile

2
Basilio Carrasco

ASSOCIATE PROFESSOR

CIENCIAS VEGETALES

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE

SANTIAGO, Chile

1
Claudio Meneses

UNIVERSIDAD ANDRÉS BELLO

Santiago, Chile

1
Cristian Gallardo

Profesor Asociado

Departamento de Oceanografía

Universidad de Concepción

Concepcion, Chile

1
Rodrigo Pulgar

UNIVERSIDAD DE CHILE - INSTITUTO DE NUTRICION Y TECNOLOGIA DE ALIMENTOS

Santiago, Chile

1
Andrés Tittarelli

Investigador Asociado

Fraunhofer Chile Research

Santiago, Chile

1
Sebastian Boltaña

Profesor Asociado

Occeanografia

Universidad de Concepcion

Concepcion, Chile

1
Claudio Latorre

Full Professor

Ecology

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE

Santiago, Chile