Scientific Imaging and Microscopy; Computational Medicine; Cellular Biology; Image Processing; Membrane Biophysics, Medical Informatics

Post-doctoral Sponsor (4)
===============
1.- 2013-2016. Victor Castañeda, post-doctoral FONDECYT 3140444 "Particle filter based tracking and segmentation pipeline for the analysis of cell shape in large biomedical imaging data".
2.- 2013-2016. Mauricio Cerda, post-doctoral FONDECYT 3140447 "Structural and dynamical priors for the characterization of tubular networks in cell biology".
3.- 2012-2015, German Reig, post-doctoral FONDECYT 3130598 "Papel de la adhesión diferencial y la inhibición por contacto de locomoción celular como motores de la expansión tisular en la epibolia de peces teleósteos".
4.- 2010-2013. Omar Ramírez, post-doctoral FONDECYT 3110157 "Structure and Dynamics of the Endoplasmic Reticulum: Molecular Mechanisms at the Interface of Form and Function".

Phd Tutor / Co-tutor (9)
===============
1.- 2013, PhD co-tutor, Alex Cordova, F-Med, U-Chile
2.- 2013, PhD co-tutor, Jorge Toledo, F-Med, U-Chile
3.- 2013, PhD co-tutor, Sandra de la Fuente, Public Health School, F-Med, U-Chile.
4.- 2012, PhD co-tutor, Violeta Chang, Characterization of Human Sperm Components for an Accurate Morphological Analysis. Departamento de Ciencias de la Computación. In progress.
5.- 2012, PhD co-tutor, Raquel Pezoa , A segmentation method for images with subjective contours in the field of digital pathology. Universidad Técnica Federico Santa María. In progress.
6.- 2010, PhD co-tutor, Rodrigo Rojas, Image segmentation constrained to topological invariants for digital pathology and medical imaging. Universidad Técnica Federico Santa Mária. In progress.
7.- 2009-2010, PhD co-tutor, Pablo Aguilar, Departamento de Ciencias de la Computación, U-Chile.
8.- 2009, PhD co-tutor, Jorge Jara, "Superficies Activas y Conceptos de Vecindades Tridimensionales para la Cuantificación y Parametrización de Fenómenos de Compactación en Estructuras Biológicas", Departamento de Ciencias de la Computación, Universidad de Chile. In process.
9.- 2009-2011, PhD co-tutor, José del Piano, Departamento de Ingeniería Electrica, U-Chile.

Summer Schools & short courses (>10)
===============
1.- 2014, F-Med, U-Chile, Summer School Optics, Forces & Development, organizer and lectures.
2.- 2014, F-Med, U-Chile, first BioMed-HPC collaboration network meeting.
3.- 2013, F-Med, U-Chile and DAAD, "Diplomado en Informatica Medica, Sistemas de Información en Salud: Requisitos para un Diseño e Implementación Exitoso"
4.- 2013, Instituto Clemente Estable, Montevideo, Uruguay, The Microbial World through different eyes.
5.- 2013, F-Med, U-Chile and DAAD, Summer School Computational Bio-Medicine, organizer and lectures.
6.- 2013, F-Med, U-Chile, Summer School Optics, Forces & Development, organizer and lectures.
7.- 2011, F-Med, U-Chile and DAAD, "Diplomado en Informatica Medica, Sistemas de Información en Salud: Requisitos para un Diseño e Implementación Exitoso".
8.- 2010, Instituto Clemente Estable, Montevideo, Uruguay, "MICROSCOPÍA DE FLUORESCENCIA."
9.- 2005, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay, "DECONVOLUCION Y RECONSTRUCCIÓN DE ESTRUCTURAS 10.- 2003, DIMENSIONALES EN LA MICROSCOPIA CONFOCAL."

See a detailed list of other short lectures (from 2006-2014) at http://www.scian.cl/portal/globals.php?COD_SECCION=2960

Research units (5)
===============
1.- 2012, responsible of Alex Cordova research units course, Ciencias Biomédicas Phd Program, F-Med, U-Chile.
2.- 2009, with Dr. Miguel Concha, responsable of Germán Reig research units course, Ciencias Biomédicas Phd Program, F-Med, U-Chile.
3.- 2009, with Dr. Miguel Concha, responsable of Eduardo Pulgar research units course, Ciencias Biomédicas Phd Program, F-Med, U-Chile. "Campos de especialización procesos migratorios y las transformaciones de la organogénesis células precursoras dorsal".
4.- 2008, with Dr. Miguel Concha, responsable of Germán Reig research units course, Ciencias Biomédicas Phd Program, F-Med, U-Chile. "Campos de especialización son la biología del pez cebra, de desarrollo, la morfogénesis y la proyección de imagen confocal de 4D."
5.- 2007, with Dr. Miguel Concha, responsable of Karina Palma research units course Biological Sciences Master program, F-Med, U-Chile. "Análisis Morfo -Topológico de la Migración Asimétrica del Órgano Parapineal en el Desarrollo Embrionario de Pez Cebra (Danio rerio)".

Master level (5)
===============
1.- 2014. Images and bio-signals processing I & II. Responsible Professor. Medical Informatics Program, F-Med, U-Chile.
2.- 2014. Bibliographic seminar course. Responsible Professor. Medical Informatics Program, F-Med, U-Chile.
3.- 2012. Images and bio-signals processing I & II. Responsible Professor. Medical Informatics Program, F-Med, U-Chile.
4.- 2012. Bibliographic seminar course. Responsible Professor. Medical Informatics Program, F-Med, U-Chile.
5.- 2012-2014. Coordinator of the Medical Informatics Program, F-Med, U-Chile.

Undergraduate (10)
===============
1.- 2014, responsible of Computer Engineer thesis, Iván Rojas. Department of Computer Science (DCC), FCFM, U-Chile. "Optimización y paralización de un algoritmo de generación de skeletons".
2.- 2012, responsible of Computer Engineer thesis, Liliana Alcayaga Gallardo. DCC, FCFM, U-Chile. "Esqueletonización de estructuras biológicas tridimensionales."
3.- 2008, responsible of Mathematical Engineer thesis, Luis Felipe Olmos Marchant, Department of Mathematics, FCFM, U-Chile. ’Conceptos de Vecindades Tridimensionales para la Cuantificación y Parametrización de Fenómenos de Compactación en Estructuras Biológicas.’
4.- 2006, responsible of Computer Engineer thesis, Jorge Francisco Jara Wilde, Escuela de Ingeniería Civil en Informática (EICI), Universidad Austral de Chile (U-Austral). "Contornos activos y su aplicación para la segmentación y parametrización tridimensional de estructuras biológicas."
5.- 2005, responsible of Computer Engineer thesis, Etiene Valentino Verdugo Ruiz, EICI, U-Austral. "Reconstrucción, visualización y parametrización tridimensional de estructuras biológicas a través de imágenes confocales de fluorescencia."
6.- 2003, responsible of Computer Engineer thesis María Luisa Oyarzo Vergara, Physics Department (PD) and EICI, U-Austral "Segmentación y análisis automatizado de objetos en movimiento aplicado al estudio microscópico de sistemas biológicos en tiempo real."
7.- 2001, collaborator of Computer Engineer thesis, Pamela Barria PD & EICI, U-Austral. "Plataforma de Identificación, Clasificación y Análisis de Imágenes, obtenidas a partir de muestras Celulares."
8.- 2001, collaborator of Computer Engineer thesis, Victor Espinoza Romero, PD & EICI, U-Austral. "Plataforma de Identificación, Clasificación y Análisis de Imágenes, obtenidas a partir de muestras Celulares."
9.- 2001, collaborator of Computer Engineer thesis Rodrigo Rojas Moraleda, PD & EICI, U-Austral. "Plataforma de Identificación, Clasificación y Análisis de Imágenes, obtenidas a partir de muestras Celulares."
10.- 2000, Tutor for the diploma thesis in experimental physics, Mr. Marcus Haas, University of Bremen: "Charakterisierung der Fluoreszenzeigenschaften des Farbstoffs DiI-CN in Zusammenhang mit der Bestimmung von physikalischen Zuständen in Lipidmembranen".